Zu Anbeginn der Zeit glaubten die Menschen an das Übernatürliche; magische Wesen und Götter. Zu dieser Zeit wurden die Wesen gejagt und zum Teil beinahe ausgerottet. Allerdings wurde das alles für die Menschen mit der Zeit immer unrealistischer. Sie hörten auf an magische Wesen und übernatürliche Kräfte zu glauben. So ging das Wissen über jene Dinge verloren. Lange Zeit lebten die magischen Wesen in Sicherheit unter den Menschen, da diese die Existenz von etwas was mächtiger war als sie verleugneten und somit vergaßen.
Doch erneut veränderte sich alles. Einige Menschen begannen nämlich damit in den Büchern ihrer Urahnen zu lesen um mehr Wissen zu erlangen. Denn Wissen ist Macht. Da durch stießen sie unweigerlich auf Aufzeichnungen über magische Wesen, Götter und geheimnisvolle Kräfte. In keinem der Bücher wurde über die Auslöschung all dessen berichtet und so begannen die Menschen wieder an die Existenz von Übernatürlichem zu glauben und suchte danach um die Wesen zu vernichten und mehr Macht zu erlangen. Die magischen Wesen hatten Angst vor der Auslöschung ihrer Rasse und flüchten sich auf die Akademie, die Negi schon vor langer Zeit für so einen Fall errichten ließ.
Die Akademie, die speziell für außergewöhnliche Wesen gebaut worden war, liegt am Rande von Japan sehr versteckt, unerreichbar für Menschen. Sie ist ein Zufluchtsort für Zauberwesen aller Art. Somit ist sie auch einer der letzten Orte, an denen die unmenschlichen Wesen ohne Gefahr leben können. Sie wurde von Negi gegründet und nun auch von ihm geleitet. Sie ist sein ein und alles weshalb er auch keine Unannehmlichkeiten duldet. Zum Schutz der Schüler und Lehrer wird das Akademie Gelände eine Mauer errichtet, die gleichzeitig ein Bannkreis ist. Somit ist es keinem möglich die Akademie ohne Erlaubnis zu betreten oder zu verlassen. Das Gelände besitzt nur ein Tor, durch welches man die Akademie mit Erlaubnis betreten und verlassen kann.
Das Leben dort ist eigentlich normal, wenn man von den vielen Test und Wettkämpfen absieht, die der Rektor Negi veranstaltet um die Wesen fit zu halten. Die Wettkämpfe haben unterschiedliche Schwierigkeitsgrade und können auch schon mal um Leben und Tod gehen. In so einem Fall schreiten die Lehrer oder Negi persönlich ein da an der Akademie nicht getötet werden darf. Im Unterricht lernen die Wesen sich zu verteidigen und zu kämpfen. Auch wenn das Leben an der Akademie viele Freiheiten hat, können sie nicht tun was ihnen beliebt und müssen sich an konkrete Regeln halten. Denn der Rektor legt viel Wert auf Recht und Ordnung.